如果是存货的正常损失，可以计入到管理费用科目，其分录为，

借：管理费用

贷：原材料/库存商品。

如果是非正常损失，则需要税务局的认定，企业先计入待处理财产损失，其进项税额也需要根据税务局的认定，看是否需要转出。其分录为，

借：待处理财产损益---待处理流动资产损益

贷：库存商品

应交税费—应交增值税—进项税额转出。